厉以宁指出，中国改革开放到现在为止，最大一个没改的问题就是城乡的关系。他说，计划经济体制有两大支柱，分别是国有企业体制和城乡二元体制。在他看来，国有企业在30年的时间里改得相当好，但城乡二元体制基本上是没改，没触动。
什么叫城乡二元体制？这是计划经济时代的产物，出现的时间是20世纪50年代后期。“户口一分为二，农村与城里的生产要素流动断绝，农民降到了二等公民的位置，”厉以宁对此感到忧心。他举了两个例子。
———同样是义务教育，城里学生就读的校舍是国家财政拨款建的，教师工资也是国家财政经费给的。但在以前，农民的子女受义务教育，校舍是自己建的，教员也只能是民办教师、代课教师，工资是农民自己发的。“这不公平！”厉以宁说。
———农民进城找工作，外出务工证、暂住证等必须齐备，否则就成了三无人员，要被遣送回乡。厉以宁对此深感不解：“为何城里人到农村住多久都不会被‘押送回城’？”
这位著名经济学家还特别指出，每年过春节都有两亿人左右坐火车流动，就是城乡二元体制种下的“恶果”。“为什么进城那么多年了，还要回农村去过年？”因为家属、孩子都还留在农村。厉以宁连串疑问发人深思。
厉以宁认为，解决这个问题的办法包括允许土地使用权合理流转以及宅基地置换等。他透露，有的地方正在做试验，宅基地可以换三个东西：城市户口、一套城市住房、城市低保。
