根据以往经验，卫生部把这几种烈性传染病作为重大突发公共卫生事件的重中之重，专门对这几种疾病的防治提出了要求：
认真实施《全国鼠疫防治“十一五”规划》，制定本地区的防治规划和工作计划，并结合疫源地分布、疫情变化和防治工作实践，完善本地区的鼠疫防控预案。开展主动监测，做好应急准备。进一步巩固和加强北方七省份鼠疫联防和各类区域性鼠疫联防。认真开展 青藏铁路鼠疫防控工作，有效预防控制鼠疫的发生和远距离传播。做好大型建设工程的卫生学调查评价和处理工作，防止因建设施工引起生态环境变化，造成鼠疫等自然疫源性疾病的暴发流行。做到控制鼠疫动物疫情的扩散蔓延，防范鼠疫人间病例的发生和传播。
总结SARS防控经验，完善SARS防控应急预案和技术方案，科学规范SARS监测和防控工作。在重点地区，要严格开展野生动物运输、销售、加工和食用的监管工作，从源头上消除危险因素；加强不明原因肺炎监测和SARS病例的早期预警工作，及时发现可疑病例，按照程序尽快明确诊断；要指定医疗机构做好收治SARS病例的准备，防止医源性感染发生和疫情扩散，切实降低病死率。
树立长期作战思想，完善人禽流感应急预案和防治技术方案，科学规范地开展人感染高致病性禽流感疫情防控和应急处置工作，做好应对流感大流行的各项准备。各地区应重点加强监测，提高预警能力，落实技术和物资储备，提高快速反应能力，确保禽流感防控工作顺利进行。各级卫生行政部门要建立并长期保持与畜牧兽医部门的沟通和合作机制，及时互通禽流感疫情信息，尤其要进一步加强基层部门间信息的及时、准确报告与沟通。
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据新华社电卫生部近日发出关于加强领导、完善机制、全面推进卫生应急工作的通知，明确提出在“十一五”期间，逐步建立健全中央、省、市(地)、县四级卫生应急工作管理体系，并建立完善卫生应急管理投入保障机制，不断改善工作条件，为有效应对突发公共卫生事件，切实维护人民群众健康，提供切实有力的保障。
卫生部进一步明确，“十一五”时期卫生应急工作的总体目标是：建立并完善卫生应急管理法律法规和卫生应急预案体系；按照“分类管理、分级负责、条块结合、属地为主”的应急管理体制，构建“统一指挥、反应灵敏、协调有序、运转高效”的应急管理机制；加强卫生应急管理机构和卫生应急队伍建设；完善突发公共卫生事件监测预警系统，提高卫生应急快速有效应对能力；形成在各级政府的领导下，部门协调配合、全社会共同参与的卫生应急管理工作格局。
